输尿管软镜常常用于肾结石取石、碎石术，输尿管软镜在输尿管硬镜不能到达的输尿管上盏、中盏、下盏结石，通过钬激光碎石，将结石彻底打碎，用套石篮完全取出。输尿管软镜取石常常会导致部分角度不能观察明显，会出现结石残留危害现象。
输尿管软镜取石还会导致肾盂内压力增加，病人会出现逆行感染，出现肾积脓、高热症状。输尿管软镜取石还会由于光纤维引起输尿管黏膜损伤和肾盂黏膜损伤，输尿管软镜碎石常常需要留置DJ管，常常需要留置2-4周左右。