做核磁共振时，由于磁场共振噪音较大、密闭空间、检查时间较长，因此部分病人会感到不适。但是，核磁共振是目前用于临床的一项较为先进的影像学诊断技术，能够提供传统的X线和CT不能提供的信息，是诊断颅内和脊髓病变最重要的检查手段，目前在我国已经普遍应用。
核磁共振如果体内有金属植入物，如义齿、脑动脉瘤手术放置动脉瘤夹、安装起搏器的患者都不适合做检查。做核磁共振与CT相比，能够提供更多方位和多层面的解剖血信息，因此临床使用较多。