十一酸睾酮主要用于补充睾酮，睾酮是男性性器官和第二性征生长和发育必不可少的重要内源性激素，性功能减退的男性患者口服十一酸睾酮之后可以使血液循环中达到生理量的睾酮水平，对于男性性腺功能低下具有一定的改善作用，可以改善患者的阳痿、性动力下降、疲劳、缺乏活力、抑郁、第二性征减退等相关的症状。
十一酸睾酮在临床上主要可以用于男性，可以用于男性继发性性功能低下的睾酮补充，可以用于睾丸切除后，也可以用于无睾症、垂体功能低下、内分泌性的阳痿，也可以用于由于精子生成障碍所引起的不育症。除此之外，还可以用于男性更年期的症状，可以改善男性性欲减退、脑力和体力下降。另外，也可以用于女性，但是主要用于男性的性别转换，使女性男性化。十一酸睾酮主要的作用就是补充睾酮，用于治疗性腺激素不足。