早上吃饭肚子疼是胃肠功能紊乱、慢性胃炎、乳糖不耐受等因素导致的，吃饭的时候胃肠就会开始蠕动，帮助食物排进到肠道之中，吸收其中的营养，一旦出现肠胃功能紊乱，不仅会影响到胃内食物的消化，同时还会诱发肠痉挛发作，因此会引起腹部疼痛。
部分人会存在有慢性胃炎疾病，这些人在吃饭时，由于食物在消化时对胃壁黏膜造成摩擦，导致黏膜水肿、充血，症状加重，因此会引起疼痛。不少人在早上吃饭时喜欢搭配牛奶，但是牛奶中的乳糖含量比较高，乳糖在消化的时候需要乳糖酶的分解，一旦肠道中乳糖酶缺乏就会导致乳糖不耐受，这时不仅会出现肚子疼，同时还会伴有腹泻表现。