灰指甲是由真菌感染了甲板以及甲下组织，而导致的一种常见的真菌性疾病，在临床中一般不建议患者应用藿香正气液治疗灰指甲。藿香正气液在临床中一般口服用于中暑等疾病的治疗，外涂并没有明显去除真菌的作用。
患者如果盲目应用藿香正气液外涂治疗灰指甲，首先对自己的病情不会有任何帮助。而且由于患者没有对灰指甲进行早期正规的治疗，所以病情可能还会慢慢持续加重，导致指甲出现明显破损脱落的情况。在指甲明显有破损的情况下，应用藿香正气液盲目的进行治疗，其中含有的酒精可能也会对甲床或周围正常的皮肤组织产生刺激。