根据相关资料统计手足口病母传抗体水平自出生后逐渐衰减，在婴儿5-11月时最低。而手足口病发病率最高的年龄组是六个月到两岁的幼儿，因此在儿童六个月时就可接种本疫苗。手足口病的高发期是在每年春季5-6月份，所以这种时间可选每年的1-3月份，也可根据孩子月龄及身体情况请医生确定接种时间，接种后对婴幼儿的保护期至少可持续五年。
另外，需要注意的是儿童接种过手足口病疫苗后仍有可能感染手足口病，因为引起手足口病的肠道病毒有二十多种，而手足口病疫苗只是针对其中一种肠道病毒71型，所以儿童仍有可能感染其它病毒而导致手足口病。而肠道病毒71型是我国手足口病的最主要的病原体，也是导致手足口病重症和死亡的主要病原体，所以接种手足口病疫苗很有必要。其它病毒感染症导致的手足口病多数都属于轻症，能够自行痊愈，基本也不会出现各种严重并发症，导致生命危险。