磁共振检查可以查到甲状腺癌，但并不作为甲状腺癌的首选检查，磁共振对甲状腺癌比较大的病灶具有较大的意义，但对于比较微小的甲状腺癌的诊断意义不是很大，特别是对于现在小于1cm的微小乳头状癌，有的甚至小于5mm，这时磁共振并不占有太大的优势。甲状腺癌目前首选的检查方式是彩超，对于甲状腺微小癌有较高的分辨率，而且价格比较便宜，作为首选的诊断方法。对于彩超高度怀疑甲状腺癌的可以进一步行穿刺检查。磁共振对于比较大的甲状腺癌的诊断具有较大意义，同时颈部淋巴结通过磁共振检查可以达到较好的诊断。但磁共振也有缺点：一、费用比较高；二、做磁共振的时间相对比较长；三、由此产生的运动伪影比较明显，所以有一定的局限性。