泌尿系结石典型的临床症状是腰痛和血尿，根据结石所在部位的不同，泌尿系结石常常分为肾结石、输尿管结石、膀胱结石和尿道结石。位于肾脏的结石，有些可以没有明显的临床表现，仅仅表现为化验时有镜下的血尿，也就是尿潜血。
如果肾脏结石合并有感染，有些病人会出现泌尿系统炎症、发热的表现。输尿管的结石常常会引起较为明显的腰痛，甚至伴有恶心、呕吐的症状。这是由于结石崁顿在输尿管引起尿液引流不畅，有些患者还会因此而发生尿路的感染、发热等临床表现。
膀胱结石的主要症状主要跟排尿有关，有些病人会出现肉眼血尿、排尿不畅、尿流中断等临床症状，位于尿道的结石也会有疼痛、血尿、尿流中断的临床表现。