CT和核磁共振检查有各自的优势，它们检查的侧重点不同，所以不能笼统的说哪一个检查更好，只是在出现不同疾病的时候，可以根据身体的具体状况判断要进行哪种检查。
比如CT对于身体中的绝大多数脏器都能够进行检查，特别是肺部和头部，而对于骨骼和关节是劣势。核磁共振检查却能把骨骼和关节完整显示出来，但是对肺部的显示比较差。
CT有一定的辐射，而核磁共振没有，适合的人群更加广泛，但是核磁共振不适合身体内有金属异物的患者。