当出现HPV感染时往往会使用干扰素，干扰素的栓剂绝大多数人使用时副作用非常小，只有少数人会出现类似于感冒的症状，有些人会出现低热、乏力、鼻塞、骨头酸疼等等，这些症状在使用一段时间后可以慢慢消失。
当然，还有一部分人会出现过敏的症状，比如有些人会出现外阴瘙痒、不适，停药后可以缓解。绝大多数人可以耐受干扰素的副作用，极少数不能耐受的人可以更换药物或者停药。干扰素的使用必须遵医嘱进行，不能用用停停或者长期应用。