木糖醇的副作用一般不是很多，但是摄入木糖醇过量就可以引起副作用和不良后果。
木糖醇摄入过多有可能会引起患者摄入的热量过度导致发胖，木糖醇对于糖尿病的患者要慎用，因为可能会诱发由胰岛素引起的低血糖，导致糖尿病加重等。
木糖醇可能会引起胃肠道不适，对胃肠道有刺激，可导致腹部肠鸣、腹部不适、胃胀气等。因为木糖醇在肠内吸收率不到20%-30%，很容易在胃肠道黏膜壁上堆积造成渗透性腹泻。
木糖醇摄入过量会导致血脂升高、胰岛素分泌功能紊乱，因此对于木糖醇的摄入要慎重，不要过量。