急性脑干梗死的处理，需要根据患者的病情严重程度、发病时间长短来进行具体分析。通常来说，一旦出现一侧肢体无力或者吞咽障碍、言语不清、口角歪斜的情况，要高度怀疑脑干梗死，此时应该及时到医院进行头部核磁加DWI进行检查，可以迅速了解患者是否发生了脑梗死。
如果确定患者已经发生了脑干梗死，而且脑干梗死发生的时间在溶栓时间窗之内，临床表现也达到了溶栓的标准，在排除溶栓禁忌症的情况下是建议进行溶栓治疗的，因为通过溶栓治疗一部分患者是可以几乎完全恢复正常的。
另外，过了溶栓时间窗或者没有达到溶栓指征的脑干梗死患者，就应该采取几方面的治疗，一方面是阿司匹林，第二通常是他汀类药物抗动脉硬化的治疗。此外，可以应用一些神经营养类药物来进行治疗，这些治疗方法也同时适用于符合溶栓指征、溶栓后的患者治疗应用，建议一旦出现脑干梗死的临床症状，应该迅速、及时的送至专科医院、神经内科进行诊治。