乳杆菌活菌一般至少要放在温度不高于20℃的环境中，乳杆菌活菌常温下一天之后就会失效，常温下保存超过4个小时药效就会下降。
乳杆菌活菌胶囊的储存方法是2℃-8℃、避光、干燥处保存。药品要放在远离厨房、卫生间等潮湿的地方。最好是放在干燥通风避光的储柜中或者保存在冰箱冷藏。乳杆菌活菌对多种抗生素，比如β内酰胺类、大环内酯类、氨基糖苷类、喹诺酮类等敏感。乳杆菌活菌主要是用来治疗因为肠道菌群失调引起的肠功能紊乱、腹泻等肠道疾病。如果要使用时，最好是要与上述所说的抗生素避开用药，以免抗生素对乳杆菌活菌的药效有影响。
乳杆菌活菌胶囊主要用于菌群紊乱，导致的细菌性阴道炎的治疗。患者用药前最好是进行白带常规的化验检查，看是否有异常，如果是滴虫、霉菌性的阴道炎，不适合应用此药。