黄芪生脉饮属于中成药，上市后的不良反应报告显示，在医生的指导下辨证合理使用还比较安全，患者普遍耐受性良好，不良反应较少。偶见患者出现食欲不振、恶心、呕吐等胃肠道反应，一般症状较为轻微，停药后症状就可以消失。
出现胃肠道不良反应的患者，以及平时脾胃功能较弱的患者，可以饭后服药，以降低胃肠道不良反应的发生率。还有极少数患者服药后会出现皮疹、瘙痒等不良反应，对此药过敏者禁用。过量或者长期服用会增加不良反应的发生率，还会给肝肾带来负担，因此不可擅自更改服药的剂量和疗程。如正在使用其他药品，请就诊时告知医生。