霉菌性龟头炎分为急性和慢性，急性炎症通常1-2周即可以治愈，但如果是慢性炎症反复发作，有时候2-3个月疗程都不一定能够完全治愈。急性炎症的治疗方案通常是药物治疗，外用药物常常用克霉唑软膏、咪康唑软膏外涂，涂药的期间可以配合清洗，比如使用硼酸洗液、洗必泰溶液、聚维酮碘或者皮肤康洗液等等，这些对皮肤、黏膜刺激性比较小的洗剂。严重的可以配合一些抗真菌的药物，比如氟康唑、伊曲康唑等等，可以加快疾病的控制。
慢性霉菌性龟头炎往往有一些好发因素，比如包皮过长、包茎，或者是配偶、性伴侣有霉菌感染，两人反复交叉感染。有些人可能是糖尿病，血糖控制不稳定，一些人是由于机体抵抗力差或者全身应用了激素等因素。只有找到正确的病因，才能够加速慢性霉菌性龟头炎的愈合。如果外部治疗实在效果不好，也可以考虑做包皮环切术，这样才能够根治。