胆道闭锁手术后的并发症最常见的就是胆管炎，患儿会出现发热、黄疸、胆道感染的症状，此时需要给予利胆、抗炎、对症处理。
也同样会出现出血、切口感染、胆肠吻合口愈合不佳、肠粘连、肠梗阻等其他类型的手术并发症，具体的发生概率要根据患儿的个体情况而定。
胆道闭锁还要根据手术的不同，其并发症也有所区别，如果是行肝移植的手术，还会出现移植物的失效、移植失败，以及出现免疫性的相对问题。