新型冠状病毒检测主要是通过查核酸来明确有无病毒感染，标本主要通过采集鼻拭子、咽拭子、肛拭子、呼吸道深部的痰液来完成。
必要的时候还可以查肺泡灌洗液、呼吸道深部的痰液和肺泡灌洗液，核酸检测阳性率明显高于鼻咽拭子。
除了核酸检测，还可以进行病毒基因测序，如果与已知的新型冠状病毒高度同源，也可以作为明确诊断的依据。
另外还可以查抗体，新型冠状病毒特异性IgM和IgG抗体双阳性，或者IgG抗体由阴转阳，或恢复期较急性期四倍及以上升高，也可以作为诊断依据。
但核酸和抗体两种检测方法有不同的窗口期，抗体检测可以作为核酸检测的补充。