两侧肩胛骨内疼痛的原因有：
1、长时间大幅度活动双肩关节，或者长时间固定肩关节保持一个姿势，过度用力均可导致双肩关节周围肌肉水肿、劳损，可引起两侧肩胛骨内疼痛。
2、双侧肩胛骨部位皮肤受凉，可导致肩胛部肌肉痉挛，引发双侧肩胛骨内疼痛。
3、双侧肩胛部位受到撞击伤、重物砸伤、扭伤等外伤，可导致双侧肩胛部位肌肉软组织挫伤，严重暴力可导致肩胛骨骨折，可导致肩胛骨内疼痛。
4、老年患者，骨质增生、骨关节炎、肩关节关节积液增多等退行性病变，均可导致肩胛骨内疼痛。
5、双侧肩周炎、肩关节周围肌肉粘连、肩关节活动受限，可引发肩胛骨内疼痛。
6、颈椎病导致的颈肩不适，也可牵扯肩胛骨内疼痛。
7、若合并乳腺癌、胃肠道肿瘤等恶性肿瘤性疾病，肩胛骨内疼痛应考虑是否为癌细胞发生转移。