对于婴儿肛瘘手术的最佳时间，一般是1-2岁。对于新生儿、2-3个月的婴儿，或者瘘管尚未完全形成的年长儿童，建议局部进行清洁护理，选择保守疗法，应注意防治便秘或腹泻。
瘘管形成后，皮肤会反复红肿，瘘口时而愈合，时而破溃，需采用手术治疗。对于婴儿肛瘘，一般情况下是低位简单瘘，大多可以通过挂线疗法或瘘管切除的手术方法进行根治，手术安全性很高。