目前飞秒激光手术具有良好的安全性和有效性，术前需要进行详细的检查和判断，可能也会出现一定的并发症。手术中由于患者紧张没有配合好而导致角膜瓣偏心，角膜内出现不透明的气泡层，出现游离瓣、前房气泡、制瓣不良而影响术后的视力。
有些患者可能会有术后干眼症的表现，经常出现眼睛干涩、酸痛或者用眼容易疲劳的，有些患者可能出现夜间眩光、夜间视力障碍等问题，可能是暗室处的瞳孔直径过大导致的。
有些患者可能会出现近视度数逐渐加深，可能与术后不良的用眼习惯有关，可能也有些患者会出现圆锥角膜或者角膜炎复发的表现。