长期服用甲钴胺会导致神经敏感性增加，患者会出现频繁性头痛，也会引起局部感觉异常，出现频繁性发热，甚至会导致出汗的症状。部分患者会对甲钴胺过敏，服用甲钴胺之后可能会出现皮疹，或者皮肤黏膜出血等症状。
除此之外，在肌肉注射的部位会出现剧烈疼痛，因为长期使用注射器注射，会导致局部血栓过多，从而引起硬结，也会影响到正常的血液循环，从而导致局部皮肤表面出现粗糙、干结，甚至皮肤发硬。部分患者会出现血压下降、呼吸困难，是因为影响到神经的敏感性而导致的。出现这种症状需要及时停止使用药物，同时给予对症治疗，及时稳定患者的生命体征。