大便真菌感染是可以自愈的，很多大便查到真菌只能说明是肠道菌群的紊乱，不一定就是真菌感染。真菌感染本来就是机会性感染，正常的肠道就是存在真菌的，只是在机体出现异常的情况下，或者大量应用抗生素杀灭了细菌，所以导致真菌过度繁殖所致。平时不建议过度的应用抗生素，尽量减少抗生素的使用，必要时可以应用益生菌进行调理，很多情况下都是可以自愈的。本身随着机体抵抗力的恢复，真菌感染就可以自行恢复，所以在临床工作中一般不用过于担忧。