静脉全麻的副作用不多，绝大多数为一过性的反应，比如术后发生的恶心、呕吐，这种情况常由于静脉的麻醉药作用于中枢神经系统所引起。
而作用于中枢系统还可能导致病人下地行走时出现头晕，甚至摔倒的情况，所以在术后下地时要尽量有人辅助。有部分病人在术后的全麻后血压下降，需要一段时间才能恢复。
还有一部分病人尤其是年龄较小的病人，在术后可能出现谵妄的情况，有时甚至会持续数天，甚至数周。但大多数情况下静脉全麻的副作用较少，而且症状较轻。