卵巢囊肿是指卵巢局部发生的病理性变化而出现的囊肿，病因还不清楚。而宫外孕在临床上是怀孕所引起的异常情况，也就是病理妊娠，是妊娠囊在宫腔以外的位置生长、发育造成严重的后果。
这是两者在本质上的区别，可以通过抽血检查HCG给予鉴别诊断。宫外孕也可以在卵巢、输卵管，还可以在宫颈部位、腹腔、盆腔内妊娠都是宫外孕。一旦发现要尽快给予处理，否则会造成严重的后果。
输卵管囊肿患者需要择期给予手术，除非是输卵管囊肿出现破裂或者蒂扭转的情况下需要急诊手术。