早上起来腰疼有以下原因：
1、腰肌劳损，可能是睡觉的时候床非常软，脊柱的生理曲度改变，经过一夜睡觉，腰肌会发生损伤，所以在睡醒的时候腰部会非常疼痛，平时要使用硬板床，不要使用软床。
2、强直性脊柱炎，在夜间腰背部疼痛比较明显，起床的时候也非常明显，通过活动腰椎活动关节后，疼痛可以缓解，同时伴有腰部僵硬感，疼痛会出现在骶髂关节，出现这种情况要去医院进行HLA-B27检测，排除强直性脊柱炎。