男性感染衣原体感染后会有6-14天的潜伏期，当潜伏期过后会出现尿频、尿急症状，部分病人会出现排尿不畅，尿道口有稀薄分泌物。尿痛症状不明显，可以自行缓解，但由于缺乏治疗或忽视治疗会导致前列腺炎发生。
发生衣原体性前列腺炎后，病人会出现排尿困难、会阴部疼痛症状，部分病人尿频症状加重。多数男性发生衣原体感染后会出现不育症状，而且衣原体性尿道炎还会引起附睾炎。