做无痛肠镜没有太大危险，但是存在比较小的风险。无痛肠镜是在麻醉的状态下，对肠道系统进行检查，对患者进行麻醉时会存在有一定的风险，但是近几年来，随着医疗技术的提高，风险已经降到最低点，因此一般不会存在有意外的情况出现。肠镜检查是属于一种有创的检查方法，需要将内镜置入到肠腔中，对整个肠道黏膜进行观察，观察的过程中，不可避免的会对肠道黏膜造成损坏，尤其是本身存在有溃疡现象的人，还有一定的可能性会导致肠穿孔的发生，这时只要小心的操作，就可以避免肠穿孔。肠镜检查时，如果对器械消毒没有做好，会导致一部分的细菌进入到肠腔中，部分人会因此出现肠道感染。