肛门内长有小肉球可能是以下几种原因导致：1、得痔疮之后的表现，如果病人的肛门内小肉球感觉不强烈、大便不出血时，可以用高锰酸钾坐浴。坐浴后将患处擦拭干净，然后局部涂抹马应龙痔疮膏进行治疗。假如小肉球比较痛、大便很难受，而且还伴有出血等症状，可以在医生的准确指导下口服阿莫西林胶囊、痔速宁片等痔疮药进行治疗，加坐浴和肛门给药。如果情况没有得到控制，也可以进行手术。2、尖锐湿疣导致，需要进行局部的激光手术治疗。3、肛肠息肉，需要直接进行手术切除治疗。4、还有可能是内痔疮脱垂、肛乳头瘤等引起，最好是根据发病原因进行治疗。