呼吸困难的病因错综复杂，可以涉及多个器官，临床以心肺疾患和心因性因素为主要原因。其中，肺源性疾病所引起的呼吸困难，主要有阻塞性通气功能障碍和限制性通气功能障碍，以及肺血管疾病所引起的为主，其本质为缺氧或二氧化碳潴留，肺外疾病常见的有心力衰竭。另外，神经肌肉疾病如膈肌麻痹，可能会导致严重的呼吸困难，还有颅脑损伤引起的呼吸失调也会出现呼吸困难。其他还有高原、贫血、糖尿病酮症酸中毒、发热、败血症以及心因性因素都可能会引起呼吸困难。