耐药性肺结核是指目前所用的一些抗结核药物存在耐药性，也就是结核分枝杆菌存在变异，引起治疗效果不好。常用的处理手段，主要包括以下几点：
第一、要评估既往的用药史；
第二、尽量进行药物敏感试验，选择敏感的药物进行治疗；
第三、避免只选用一种新药加到原来的治疗方案当中；
第四、尽可能的采用新一代的氟喹诺酮类药物；
第五、不使用交叉耐药的药物；
第六、治疗方案当中至少应该含有四种二线的敏感药物；
第七、应该适当的延长治疗时间。
耐药性肺结核可以是耐一种药物，也可以是一种以上的抗结核药物。