眼睛瞳孔变小主要由以下原因所导致：1、药物性瞳孔缩小，比如应用硝酸毛果芸香碱滴眼液或者卡巴胆碱注射液以后，可以出现瞳孔缩小。2、颅脑疾病或者外伤，比如脑干损伤可以导致瞳孔缩小。3、霍纳综合征，霍纳综合征是由于交感神经传导通路受损所致，可以表现为上睑下垂、眼球内陷、瞳孔缩小、同侧面部无汗。4、葡萄膜炎、虹膜睫状体炎等眼部炎症，可以导致瞳孔变小缩小。5、有机磷中毒，有机磷中毒时可以导致瞳孔缩小，严重时可以导致针尖样瞳孔。