索拉非尼的副作用，最常见的是腹泻、乏力、脱发、感染和手、足皮肤的反应。有的病人腹泻可以比较轻微，经过对症治疗很快就好转了，不需要调整用量，而有的病人腹泻比较严重，患者可以出现水、电解质功能的紊乱。这时需要减低索拉菲尼的剂量，甚至停药。
手、足皮肤反应对于索拉非尼的持续应用，影响也比较大。尤其对于一些糖尿病的病人，手、足皮肤反应会更重一些。除了这些常见的副作用之外，索拉非尼的长期服用还可以导致出现便秘、皮疹等现象，有的病人还会出现高血压的现象。