肠结核与克罗恩病的鉴别，主要从以下几个方面进行，第一是临床表现上克罗恩病常有肠外表现，比如说口腔溃疡，关节的红肿热痛等肠结核很少有这种肠外表现，第二个是从病史上，肠结核患者常常有其他部位的结核病史，比如说肺结核，第三个是实验室检查，肠结核患者结核菌素试验常呈阳性，第四个就是肠镜检查克罗恩呈现节段性分布，见纵行溃疡，溃疡，周围粘膜正常或者是成鹅卵石样，肠腔狭窄，炎性息肉。第五病理上，克罗恩病病理活检提示，非干酪样坏死性肉芽肿，而肠结核病理提示，干扰坏死性肉芽肿。