巧克力囊肿本身属于子宫内膜异位症，对于再次的怀孕会产生一定的影响，手术结束之后再次进行受孕，如果有各种的原因进行了终止妊娠，终止妊娠手术之后可以加重巧克力囊肿的表现发生，加重月经到来时的痛经表现发生，也可以引起并发症，例如宫腔粘连、子宫内膜变薄、月经不调、盆腔炎症的表现。
所以如果已经进行了终止妊娠手术，尽可能按照医嘱来修复内膜，例如可以口服短效避孕药物，如优思明、优思悦或者是达英-35，任选其中一个口服三个月，既能够修复内膜，也可以避免巧克力囊肿变的比较严重的情况发生，所以可以根据自身情况来进行选择。