慢性黏膜念珠菌病要去除诱发因素、保持皮肤清洁干燥以及积极治疗基础疾病，必要时给予支持疗法、外用药物治疗、系统药物治疗。
一、一般治疗
1、去除诱因：了解存在的诱因并及时消除，如有伤口的感染时，需及时治疗。
2、保持皮肤干燥：念珠菌在pH5.5～6.5环境下最适宜生长繁殖，属于机会致病菌，因此建议患者保持皮肤干燥，以避免菌群的繁殖。
3、合并症治疗：如患者合并有糖尿病，应同时治疗。
二、药物治疗
1、1%~2%甲紫或制霉菌素制剂：局部病变可用1%~2%甲紫或制霉菌素制剂，抑制念珠菌病。
2、伊曲康唑：抗真菌谱广，餐后口服生物利用度最高，吸收快，口服后3～4小时候血药浓度达峰值。
3、1%~3%克霉唑溶液：是广谱的抗真菌药，主要用于皮肤、黏膜、腔道部位真菌感染，对念珠菌感染疗效显著，对浅部真菌的疗效比制霉菌素强。
4、氟康唑：氟康唑是抗真菌药，抗真菌谱较广泛。对白色念珠菌、光滑念珠菌、新型隐球菌、小孢子菌属、粗球孢子菌等均有较强杀菌和抑菌作用，抑制真菌上的p450酶活性而抑制真菌生长。可以用于呼吸道念珠菌感染、鹅口疮、泌尿系念珠菌感染、口腔念珠菌感染、腹腔念珠菌感染、皮肤真菌感染、生殖系统真菌感染等，氟康唑有口服制剂和注射液。
5、两性霉素：两性霉素是迄今治疗深部真菌感染的主要药物，两性霉素对白色念珠菌的敏感率较高。
三、手术治疗
慢性黏膜念珠菌病一般无需手术治疗。
四、其他治疗
在有一定抗体功能的情况下应定期给予灭活疫苗，也可起到治疗作用。