肺曲菌病大多数为继发感染，原发者罕见，常继发于肺结核、肺癌、结节病等慢性肺部疾病，所以该病主要以环境因素造成，环境中曲菌寄生在慢性肺疾病所形成的空腔内也有部分患者是由于职业暴露、外伤等吸入曲霉菌。
1、环境因素：肺曲菌病是属于环境因素所致，曲菌常寄生于肺结核、肺癌、支气管肺囊肿及结节病等慢性肺部疾病所形成的空腔内，造成空洞壁和肺组织的周围部分被破坏、炎细胞浸润、血管扩张等。少部分患者是由于职业暴露、外伤等吸入曲霉菌，免疫力功能低下患者也易得本病。
2、药物因素：大量应用广谱抗生素，使菌群失调发生二重感染，或由于长期使用肾上腺皮质激素、免疫抑制剂等使机体免疫功能降低而引发该疾病。
3、继发于其他疾病：肺内原有空洞或空腔，在腔内继发曲菌生长，真菌丝、孢子和黏液纤维素、炎性细胞形成曲霉球，多继发于肺结核、肺脓肿、支气管扩张、肺大疱等疾病形成空洞或空腔后。