幽门螺杆菌可以导致口臭，因为幽门螺杆菌具有尿素酶的活性，可以分解尿素产生氨气，氨气是一种具有特殊臭味的物质。同时幽门螺杆菌还可以产生硫化氢和甲硫醇，这两种气体是目前所知口臭重最主要的成分。
有幽门螺杆菌感染时可能导致食物在胃肠中潴留的时间过长，经过胃肠道其他细菌的分解发酵也可以产生各种臭的气味。但是口臭最常见的原因是口腔疾病，如果口腔没有疾病，才考虑是幽门螺杆菌引起的口臭。