多囊肾的患者如果在囊肿相对比较小、肾脏体积比较小的时候，可能没有相关的临床症状，但是随着囊肿增多、增大，病人会出现肾区的疼痛，或者有腹胀的感觉，主要是因为肿大的肾脏被膜受到牵拉，可以出现相关的症状。还有多囊肾在出现各项并发症的时候，可能会有相关的表现。囊肿如果出现了破裂或者出血，病人会有明显剧烈的腰疼、腹疼情况，病人会出现肉眼血尿。
如果合并感染，可以出现腰疼、发烧、恶心、呕吐。有些病人还可以伴有泌尿系感染的症状，像尿频、尿急、尿痛。多囊肾随着肾功能受到损伤，有的病人会出现高血压或者血压高的难以控制。如果当多囊肾影响到肾功能，导致肾功能衰竭的时候，病人还可以出现肾衰竭相关的表现，比如会有肾性贫血的发生、乏力、皮肤瘙痒、电解质紊乱等相关的表现。