肚脐出水有臭味，多数是由于出现细菌感染引起，还有的是脐尿管瘘或脐尿管未闭导致。由于肚脐眼位置比较深，分泌物以及皮肤上有细菌堆积，但是位置比较深以及皮肤比较薄是很难清理的，长期细菌堆积就会引起感染，出现有水或者臭味。还有肚脐周围皮肤皱褶比较集中，并且皮肤比较薄，不良的抠肚脐眼习惯，很容易造成皮肤损伤，也容易引起感染，导致有水和臭味。
还有的人出现这种情况是先天性疾病，由于脐尿管瘘，后天膀胱压力过高尿液会到肚脐周围，也会形成有水，甚至长时间会伴有臭味，需要进行手术治疗。胎儿生下来的时候多数情况肚脐是完全封闭的，也有的没有封闭，后天需要进行治疗，没有治疗出现的脐尿管未完全闭合，就会引起水和臭味的现象。