甲硝唑凝胶不能有效的治疗痘痘，甲硝唑凝胶的有效成分是甲硝唑。甲硝唑是一种抗生素用于治疗厌氧菌的感染、螨虫和滴虫的感染。
痘痘的发生机制和表皮的异常过度角化、毛囊孔堵塞、内分泌有关系也和细菌的感染有关系，以丙酸痤疮杆菌为主。
治疗需要用去角化的药物，炎症性的痘痘可以口服盐酸米诺环素、盐酸多西环素这类的抗生素，甲硝唑对于去角化还有杀灭丙酸痤疮杆菌效果都不理想，所以不用于痘痘的治疗。