柳氮磺吡啶栓适用于治疗溃疡性结肠炎、慢性非特异性结肠炎等炎症性肠病的外用药物，此药上市后的不良反应报告显示，在医生指导下合理使用比较安全，患者普遍耐受性良好，不良反应较少。偶见患者用药部位会出现刺痛、瘙痒等不良反应，此时需要立即停药，如果情况严重，需要立即就诊。
另外，对此药过敏者禁用，对呋塞米、砜类、噻嗪类利尿药、磺胺类、碳酸酐酶抑制药及其它磺胺类药物呈现过敏反应者，对柳氮磺吡啶栓也会过敏。因此，需要仔细询问患者用药史，以减少不良反应的发生率。此药属于处方药，必须在医生的指导下合理使用，如正在服用其它药物，就诊时需告知医生。