两个月之内吃两次紧急避孕药没有很严重的后果，但是最主要的影响是女性的月经，导致月经紊乱或者是月经间期不规则出血。因为紧急避孕药里面的孕激素的剂量是比较大，是短效避孕药中孕激素的剂量的好几倍，所以有可能会导致排卵推迟或者是影响排卵。两个月之内吃两次，次数相对频繁，所以对月经的影响比较大。
紧急避孕药在肝脏和肾脏中代谢，也可能会影响肝功能或者是肾功能，但是这个概率可能会稍微小一点，而且紧急避孕药可能会对胃肠道造成一些不良的影响，女性吃完之后可能会有恶心、反胃、头晕等异常症状。两个月之内吃两次紧急避孕药，有些频繁，也有可能会影响补救的效果，导致意外怀孕的发生。
另外，紧急避孕药还有可能会导致一些撤退的出血，比如女性吃完药之后一周左右，会出现一些少量出血。这个出血的时间可能会持续一周，甚至会更久，或者是会导致当月的月经推迟，或者是不来，甚至闭经等。