脑干血栓能不能融掉，取决于脑干血栓开始治疗的时间。如果在脑干血栓急性期发病4.5h之内，假如能够满足静脉溶栓的适应证，没有禁忌证，采用静脉溶栓的方法就有机会溶掉脑干血栓，但是达不到100%。一旦过了这个时间窗脑干血栓就不能溶掉，所以脑干血栓一定要第一时间就诊，抓住治疗的最佳时机。
如果不能溶栓也可以采用其他的治疗方法，比如抗血小板聚集治疗、强化降脂治疗，根据病情必要的时候采取双重抗血小板聚集治疗，病情稳定之后还要采用调控血压的治疗。在恢复期还可以进行康复、理疗等辅助的治疗。平时要积极的控制引起脑干血栓的危险因素，预防更重要。