百日咳是由百日咳杆菌引起的急性呼吸道传染病，顾名思义，它的病程可以达到百天，就是三个月左右，指的是自然病程。百日咳有卡他期、痉咳期、恢复期，在临床前期有潜伏期2-21天，一般是7-14天，出现症状后就是卡他期了，卡他期跟普通感冒差不多，一般是1-2周左右，然后进入痉咳期，这就是典型的百日咳的症状。
痉挛性的咳嗽一般可以持续2-6周，最长可以达到两个月，所以这个时期就是典型的临床表现，咳嗽很厉害，然后就进入恢复期，恢复期就是咳嗽缓解，百日咳特征性的回勾声音的咳嗽消失，这个恢复期也要2-3周，所以一般来说病程可能是2-3个月。
在百日咳的治疗当中，用红霉素来进行抗感染，一般红霉素的疗程是14天，如果一旦进入痉咳期，即便用了红霉素，可能也不能缩短病程，所以在前驱期，尤其是在卡他期的时候，如果用了红霉素后也许可以减少病程，所以在治疗当中是要早诊断、早治疗，疗程要足，尽量不要产生并发症，并发症可以有百日咳的肺炎、脑炎等。