桥本病不一定会发展为甲减，抗体升高阶段尚没有针对病因的治疗措施，只是要限制碘的摄入量，会有助于阻止甲状腺自身免疫破坏的进展。近年研究发现，硒酵母片对于抗体的改善可能会有一定的作用，但是服药时间不宜过长，也只是起到辅助的作用。
关键还是要控制碘的摄入量，定期检查甲功五项，发现亚临床甲减或甲减，及时应用甲状腺素片进行替代治疗，每4-6周要检查甲状腺激素水平，调整药物的用量，出现甲状腺肿大明显伴疼痛或者压迫症状时，可考虑给予糖皮质激素治疗，药物治疗如果不能缓解则应考虑手术治疗。