静脉窦血栓形成的原因非常多，但主要的危险因素可以分为暂时性的和永久性的，常见的有遗传性、获得性的促血栓形成的疾病，如口服避孕药，妊娠和产褥期恶性肿瘤，感染、头部损伤及机械诱因。超过85%的病人中至少可以发现一种危险因素，最常见的是促血栓形成的疾病，而在有些研究中所有患者中34%存在促血栓形成的疾病，22%存在遗传性促血栓形成的疾病。
虽然过去认为感染性因素发病的几率很高，但最近的研究中只有6%-12的病例是由于感染而引起的血栓。同身体其他部位的深静脉血栓形成一样，有半数以上的病人可能会有多个危险因素。所以在治疗期间或者治疗后应积极寻找其他可能存在的诱因，这样可以避免远期静脉窦血栓的复发。