不明原因发烧，可能的原因有很多，一般临床可以分为以下几大类：
第一、感染因素：病毒、细菌、衣原体、支原体、螺旋体、立克次氏体、真菌都有可能引起发烧，需要结合患者的临床表现，以及实验室检查来确定是哪一类的病原微生物感染。
第二、风湿免疫性疾病：多数风湿免疫性疾病可以导致发烧，同时会伴有关节疼痛、皮疹，还有溃疡的表现，也可以出现皮肤、血管的炎症表现，这是一大类疾病。一般需要通过血沉、自身抗体、免疫球蛋白、C反应蛋白等指标，来判断是否为结缔组织病。
第三、恶性肿瘤：恶性肿瘤实体瘤引起发烧的情况，相对来说比较少见，但也可以引起发烧，比较常见的有肾癌，更多见的是血液系统的恶性肿瘤，比如各种病因的白血病，白细胞白血病或者粒细胞白血病、淋巴细胞白血病。另外，也可以见于淋巴瘤，各种病因导致的淋巴瘤都可能会引起发烧。
第四、非器质性病因：称为功能性的低热，这种情况需要除外器质性的原因。
以上是不明原因发烧时比较常见的几大类病因。