如果头上长的瘊子不多，可以做冷冻治疗、激光治疗或者外用药物治疗，但是头皮上用药膏相对有一定的困难。如果数目很多，可能免疫力不是很好，可以冷冻去除或者激光去除以后外用抗病毒药物，比如干扰素凝胶。
另外也可以口服一些提高免疫力的药物，比如转移因子胶囊、转移因子口服液、贞芪扶正胶囊等等。也可以肌注提高免疫力的药物，比如胸腺五肽、白介素或者卡介菌多糖核酸注射液。
最重要的是尽量避免用手抠瘊子，洗头的时候也尽量避免使劲搓，因为瘊子是人乳头瘤病毒感染引起来的，如果总是抠，可以将病毒传染到其他的地方，引起其他地方长瘊子。