肝门部胆管癌病情不同，存活时间也不同。一般可做手术治疗的患者，如做肝叶部分切除、肝门部胆管成形等姑息手术治疗，手术之后能够生存超过1年、2年，甚至更长时间。如果病情进展快，此时肝门部胆管癌不能进行手术治疗，则生存时间较短，大部分是在半年到1年左右。
肝门部胆管癌最常发生肝内转移，或肝脏周围其他器转移，如胰腺、腹腔、胃肠道等部位的转移，可以考虑做姑息的化疗以及局部放疗，控制病情发展。肝门部胆管癌没有特别有效的靶向药物，可遵医嘱尝试口服阿帕替尼来治疗。