射精时出现龟头部位刺痛的原因可能是由于尿道炎，或者包皮过长的患者出现的包皮龟头炎。当出现龟头刺痛时，如果患者包皮过长，可以给予一定的外用药物进行治疗，常用的外用药物包括皮肤康洗液、复方黄柏液或康复新液。
当龟头炎治愈时，建议患者尽早的行包皮环切手术。另外如果是由于尿道炎引起的龟头刺痛，可以口服药物进行治疗，常用的药物包括西药，如头孢地尼、左氧氟沙星或美满霉素，中药主要是选择清热解毒类的药物，比如热淋清颗粒、八正胶囊或银花泌炎灵等。